乙酰化作为蛋白质翻译后修饰（PTMs）中的一种重要类型，广泛参与细胞代谢、信号转导、基因表达调控等核心生命活动。尤其是在组蛋白调控、线粒体功能以及能量代谢重编程等研究中，蛋白乙酰化已成为探索疾病机制与筛选干预靶点的前沿方向。随着高分辨率质谱与高亲和富集抗体的发展，乙酰化蛋白质组学已成为研究细胞状态动态变化的关键手段。为了帮助科研人员更高效地设计实验方案并获取可靠数据，本文将作为一份乙酰化蛋白质组学研究入门指南（含样本制备与分析建议），系统梳理从样本前处理到质谱检测与数据解读的核心流程。

一、研究蛋白质乙酰化的原因

1、乙酰化的生物学功能

（1）组蛋白乙酰化：调控染色质结构与基因表达活性；

（2）非组蛋白乙酰化：影响蛋白稳定性、酶活性、蛋白-蛋白相互作用等。

例如，代谢酶如GAPDH、IDH、PKM2的乙酰化调控与糖酵解、TCA循环密切相关。大量研究表明，乙酰化修饰异常与癌症、神经退行性疾病、代谢综合征等密切相关。

2、全局 vs 定量分析

传统Western blot只能验证已知乙酰化蛋白，而质谱结合免疫富集技术可实现：

（1）全局乙酰化谱绘制；

（2）不同条件下乙酰化动态变化监测；

（3）定位具体乙酰化位点，揭示调控机制。

二、样本制备策略：从源头保证乙酰化修饰的真实性

1、蛋白提取：保护修饰，防止降解

（1）裂解液选择：推荐使用含Triton X-100或SDS的裂解缓冲液，同时添加去乙酰化酶抑制剂（如TSA、NAM）和蛋白酶抑制剂；

（2）操作温度：全程保持在4°C，快速操作，避免修饰丢失。

2、蛋白定量与酶切

（1）定量方法：推荐BCA法定量；

（2）酶切策略：Trypsin单酶切常用，也可搭配Lys-C双酶切，提高修饰覆盖率。

三、乙酰化肽段富集：提高低丰度修饰的检出率

1、免疫亲和富集（Immunoaffinity Enrichment）

（1）采用抗乙酰赖氨酸抗体偶联磁珠进行富集；

（2）建议每个样本使用1–5 mg肽段，优化抗体比例；

（3）洗脱后使用C18 desalting去除盐和干扰物。

百泰派克生物科技在乙酰化修饰研究中采用商业优化的高亲和抗体体系，并搭配低背景富集缓冲液，确保高特异性与一致性，为科研客户提供稳定可靠的乙酰化组学服务。

四、质谱检测建议：高灵敏度解析乙酰化位点

1、仪器选择

（1）推荐使用Orbitrap Fusion Lumos或Q Exactive HF-X等高分辨质谱仪；

（2）配合nanoLC-MS/MS系统以提高分离效率。

2、方法设置

（1）数据依赖采集（DDA）适合谱图覆盖率分析；

（2）数据独立采集（DIA）适合高通量、可重复定量研究；

（3）设置合适的动态排除时间与HCD碎裂能量，优化MS/MS谱图质量。

五、数据分析要点：乙酰化位点识别与定量

1、数据搜索与定性

（1）使用MaxQuant、Proteome Discoverer等工具；

（2）设置乙酰化（K）为可变修饰；

（3）控制FDR < 1%，提高修饰位点置信度。

2、修饰定量

（1）推荐label-free或TMT/iTRAQ定量；

（2）控制批间效应，采用中位数归一化等方法。

3、生物信息学分析

（1）GO/KEGG/Reactome路径富集分析；

（2）motif分析识别乙酰化偏好序列；

（3）蛋白互作与网络建模（如STRING、Cytoscape）。

蛋白乙酰化的研究已从组蛋白调控拓展至多类细胞内蛋白，成为解析疾病调控机制的重要方向。未来，结合多组学数据与功能验证，将进一步推动乙酰化修饰从基础研究走向转化医学。

百泰派克生物科技的乙酰化蛋白组服务优势作为国内领先的蛋白质组学服务平台，已结合十余年质谱积累与高水平生物信息分析能力，构建成熟的乙酰化蛋白组分析平台，优势包括：高效样本富集体系，修饰位点识别率高；多机型平台支持，涵盖DDA与DIA分析需求；专属生信分析报告，助力机制解析与文章发表；灵活对接各类课题，如癌症机制、药物靶点、代谢调控等。如您计划开展乙酰化蛋白质组学研究，欢迎联系百泰派克生物科技，我们将为您提供从实验设计到数据解读的一站式解决方案。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

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